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找甲基化位点也就CpG岛一般是有以下几个方法:
1.MSP,亚硫酸氢盐转化后,将你想测的基因区域(如启动子区)转入细菌质粒中,进行测序(金标准)。挑克隆7/10是甲基化的克隆认为这个位点70%甲基化。大概可以测400+片段,但是问题是没有办法太精确,因为测得越多越精确,测太多太贵。
2.焦磷酸测序,这里指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸测序,亚硫酸氢盐转化后,对于启动子片段进行PCR扩增,测序,测出甲基化程度,仪器中Q24有FDA的认证,可以合作开发开发试剂盒。大概可以测60-70bp片段,胜在快速和稳定,但是引物设计成功率不高50%左右,适合小样本。
3.MassARRAY平台进行甲基化检测,用的是质谱法,也是亚硫酸氢盐转化,针对目标片段可以最多到500bp,但是问题是要求样本量一般比较大,位点数*样本数要等于384才好做,至少大于300因为那东西一张片子384,用两次就废了,一周不用完也废了。
4.甲基化芯片如果你一还没有找到基因那你用这个做个初筛不错。
1、专家指出,咱们国家的亲子鉴定是用16个位点的试剂盒来做检测的,检测16个位点计算后父权概率已经超过99.99%,完全可以达到认定亲子关系的程度;如果检测20个位点,会是更加精确的结果,当然100%这个数字在亲子鉴定项目中是不会出现的,一是因为计算方式,二是因为从科学的角度来说,100%这个数字本来就不科学。
2、亲子鉴定是通过基因分型技术,对STR基因位点鉴定后得出的数字化值进行对比。不同基因位点的基因频率是不同的,通过检测一定数目位点数,基因频率的总概率就是亲子鉴定的准确性。也就是说做的位点数目越多准确性是越高的,但是一般检测16位点以上准确性都可以达到99.99%以上。
中新网广州7月23日电(记者蔡敏婕)通过和正常基因序列比对,高通量基因测序技术短时间内准确地检测出样本中基因发生的改变,便于恶性肿瘤的诊断及指导用药......《高通量基因测序项目分类》22日在广州正式发布。该标准首次厘清了高通量基因测序检测项目在临床应用中的分类原则和分类类别,促进高通量基因测序技术在肿瘤、产前、遗传病和感染疾病等领域的研究和应用。
7月22日,《高通量基因测序项目分类》团体标准发布仪式在广州举行。广东省精准医学应用学会供图
肿瘤有时候很难通过常规手段明确诊断,对于诊断不明确的肿瘤,高通量基因测序技术可以将肿瘤细胞具有的基因改变检测出来,在短时间内可以明确诊断,临床医生也能够制订下一步的治疗计划。近年来,这项技术在肿瘤、遗传病、微生物的诊断、治疗以及个性化用药等领域,得到了越来越广泛的应用。“举一个例子,你拿着鱼竿去钓鱼,不一定能钓到,但是这个技术就相当于拿着网,一下子就把鱼给‘网’上来了。”深圳华大基因股份有限公司副总裁姜丹举例称,该技术可以把未知或者已知的相关基因位点检测出来,便于下一步的诊断。
《高通量基因测序项目分类》团体标准主编、广东省精准医学应用学会临床生物信息分会主任委员欧阳能太介绍,随着精准医学的发展,作为精准医学领域核心技术的高通量基因测序已越来越广泛地应用于临床实践。但高通量基因测序技术多样且复杂,各种测序名称也是五花八门,缺少系统化的技术分类指引,这样不利于推进技术的规范应用,也不利于研发企业部署产品研发线路,研发新技术、新产品。
广东省精准医学应用学会常务副会长、秘书长孙炳刚介绍,该团体标准由中山大学孙逸仙纪念医院牵头主编,多家高水平医院联合因美纳、泛生子、贝瑞和康、华大基因、达安基因等基因检测领域的多家龙头骨干企业共同编写,在全国率先对高通量基因技术分类进行了系统化分类,以期对规范、引领、推进基因检测技术研究和应用起到积极作用。
国家卫健委医政司副司长李大川以视频方式出席发布会,他认为该标准在国内首次系统地梳理了高通量基因测序项目的分类,为下一步政府部门规范、推进高通量基因测序在临床的应用提供了重要的基础支撑,也标志着中国高通量基因测序领域的技术标准化工作迈出了重要的一步。
因美纳(中国)科学器材有限公司销售副总裁马海燕代表参编企业发言时表示,此标准的发布对于规范、促进高通量基因检测行业发展具有重要意义,行业企业愿与各方携手,共助高通量基因检测行业发展。
广东省人民医院总会计师郑阳晖在会议上介绍,《高通量基因测序项目分类》团体标准的发布将为政府部门高通量基因检测技术收费定价提供参考,有助于高通量基因测序技术的规范发展和健康发展。(完)
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