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一、拟南芥转录因子文库筛选理论基础
微如草芥,却贡献巨大的模式植物——拟南芥拥有有5对染色体,1.25亿个碱基对,编码着2.5万个基因,据拟南芥转录因子数据库(DATF)统计,可查询2290个转录因子。
我们通过构建酵母文库单杂筛选或者DNApulldown来筛选转录因子时,会发现捕获的转录因子数量特别少,甚至没有转录因子,这2000多个转录因子到哪里去了?
转录因子是一类周期性调控蛋白,只有在特定的生长时期,特定的组织部位才会有一定丰度的表达。其功能如同手枪的“扳机”,电路的“开关”。微量表达就能调控下游靶基因,改变生物性状。功能如此强大的转录因子,如神龙见首不见尾的大侠,只有在“需要”的时候,偶露峥嵘。
构建酵母单杂文库时,即使选择建库材料时遵循了跨时空的原则,能够囊括的转录因子基因依然很少,筛不到靶标转录因子实属正常。
北京大学邓兴旺院士团队针对这种状况,将拟南芥中出现频率较高的1500多种转录因子调取出来,组成转录因子文库,避开了时空效应,这是最“土”的手段,却是科研路上最“聪明”的策略。
李泰,西南大学特聘副教授,托利多大学访问学者。先后从事兽医,癌症机理、DNA修复研究,及玉米、大米及高粱等植物的转录因子资源数据库的信息提供、校正及其cDNA文库的整理与维护等工作。在包括Blood、AmericanJournalofPathology、JournalofBiologicalChemistry等杂志发表多篇文章,影响因子达到26以上,被SCI数据库文章他引达72次。EI收录2篇并被引用37次。多次获邀参加国际性学术会议。