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食品企业标准备案的部门是国务院卫生行政部门。
食品安全国家标准由国务院卫生行政部门公布制定。没有食品安全国家标准或者地方标准的企业标准；严于食品安全国家标准或者地方标准的企业标准。应当在组织生产之前向省、自治区、直辖市卫生行政部门备案。集团公司所属企业适用统一的企业标准的，可以由集团公司总部或者其所属任一生产企业向所在地省级卫生行政部门备案。
法律依据：
中华人民共和国食品安全法》
第二十一条食品安全风险评估结果是制定、修订食品安全标准和实施食品安全监督管理的科学依据。经食品安全风险评估，得出食品、食品添加剂、食品相关产品不安全结论的，国务院食品安全监督管理等部门应当依据各自职责立即向社会公告，告知消费者停止食用或者使用，并采取相应措施，确保该食品、食品添加剂、食品相关产品停止生产经营；需要制定、修订相关食品安全国家标准的，国务院卫生行政部门应当会同国务院食品安全监督管理部门立即制定、修订。
《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条违反本法规定，有下列情形之一，尚不构成犯罪的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；情节严重的，吊销许可证：
（一）生产经营致病性微生物，农药残留、兽药残留、生物毒素、重金属等污染物质以及其他危害人体健康的物质含量超过食品安全标准限量的食品、食品添加剂；
（二）用超过保质期的食品原料、食品添加剂生产食品、食品添加剂，或者经营上述食品、食品添加剂；
（三）生产经营超范围、超限量使用食品添加剂的食品；
（四）生产经营腐败变质、油脂酸败、霉变生虫、污秽不洁、混有异物、掺假掺杂或者感官性状异常的食品、食品添加剂；
（五）生产经营标注虚假生产日期、保质期或者超过保质期的食品、食品添加剂；
（六）生产经营未按规定注册的保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方乳粉，或者未按注册的产品配方、生产工艺等技术要求组织生产；
（七）以分装方式生产婴幼儿配方乳粉，或者同一企业以同一配方生产不同品牌的婴幼儿配方乳粉；
（八）利用新的食品原料生产食品，或者生产食品添加剂新品种，未通过安全性评估；
到省级卫生行政部门办理食品安全企业标准备案。
第十六条企业标准备案有效期为三年。有效期届满需要延续备案的，企业应当对备案的企业标准进行复审，并填写企业标准延续备案表，到原备案的卫生行政部门办理延续备案手续。
第十七条企业经复审认为需要修订企业标准的，应当在修订后重新备案。
近日，市场监管总局发布《婴幼儿配方食品原料等事项备案工作指南》（以下简称《工作指南》），进一步规范婴幼儿配方食品原料、食品添加剂、产品配方及标签等事项的备案工作，督促企业落实食品安全主体责任，加强产品全生命周期管理，确保产品从原辅料入厂至终产品出厂可监控、可追溯。
《工作指南》明确了备案主体、备案内容、备案流程、备案管理要求，以及食品原料等事项的具体备案信息和要求。对于拟在中华人民共和国境内生产并销售婴幼儿配方食品的生产企业，获得配方注册和生产许可后，在正式投产前，应当依法将食品原料、食品添加剂、产品配方及标签等向所在地省级市场监管部门备案。对于食品原料、食品添加剂，主要备案名称、品牌、产地/国别、包装规格、质量要求/原料（食品添加剂）执行标准号、供应商名称、生产商名称等信息；对于产品配方，主要备案实际生产时依法依规可调整的配方组成成分信息，不重复备案配方注册内容；对于标签，主要备案除产品批号、生产日期等以外的上市产品的标签。
《工作指南》同时还明确，鼓励境外生产企业参照备案的有关规定，向其产品标签上标注的代理商、进口商或经销者所在地省级市场监管部门备案。
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