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卫生行政部门承担食品安全综合协调职责，负责食品安全风险评估、食品安全标准制定、食品安全信息公布、食品检验机构的资质认定条件和检验规范的制定，组织查处食品安全重大事故。
第一，食品安全风险评估。国务院卫生行政部门负责组织食品安全风险评估工作，成立由医学、农药、食品、营养等方面的专家组成的食品安全风险评估专家委员会进行食品安全风险评估。
第二，食品安全标准的制定。依据食品安全法及标准化法的规定，国务院卫生行政部门负责制定、公布关于食品、食品添加剂等的食品安全国家标准，还将对现行的食用农产品质量安全标准、食品卫生标准、食品质量标准和有关食品行业标准中强制执行的标准予以整合，统一公布为食品安全国家标准。
第三，食品安全信息的公布。依照食品安全法规定，需要由国务院卫生行政部门统一公布的“食品安全信息”一般情况下包括食品安全总体情况、食品安全风险评估信息和食品安全风险警示信息、重大食品安全事故及其处理信息，以及其他重要的食品安全信息和其他需要统一公布的信息。此外，还要协调好各食品安全监督管理部门的日常监督管理信息公布工作。
第四，食品检验机构的资质认定条件和检验规程的制定。除法律另有规定外，食品检验机构应当按照国家有关认证认可的规定取得资质认定后，方可从事食品检验活动。食品安全法施行前经国务院有关主管部门批准设立或者经依法认定的食品检验机构，可以依照食品安全法继续从事食品检验活动。食品检验机构按照卫生行政部门制定的资质认定条件取得相应资质后，必须依照卫生行政部门制定的检验规程从事食品检验活动。
第五，组织查处食品安全重大事故。食品安全重大事故涉及人数较多的群体性食物中毒或者出现死亡病例，往往会对公众健康和社会稳定造成严重损害和恶劣影响，因此建立健全应对重大食品安全事故的救助体系和运行机制，协调各食品安全监督管理部门的食品安全事故查处工作，有效预防、积极应对、及时控制食品安全重大事故，最大限度地减少食品安全重大事故的危害，保障公众身体健康与生命安全，维护正常的社会秩序，是负责食品安全综合协调的国务院卫生行政部门的重要职责。
第六，其他需要卫生行政部门承担综合协调职责的事项，例如国务院食品安全委员会交办的食品安全综合协调事项。
食品生产经营者是保证食品安全的第一责任人，只有从法律制度上确保食品生产经营者切实做到依法生产经营，诚实守信，对食品安全负起应尽的社会责任，才能建立起保障食品安全的长效机制.为此，食品安全法进一步强化了食品生产经营者的责任，明确规定食品生产经营者应当依照法律、法规和食品安全标准从事生产经营活动，对社会和公众负责，保证食品安全，接受社会监督，承担社会责任.同时确立了以下制度，以进一步强化食品生产经营者作为保证食品安全第一责任人的法定义务：
一、生产经营许可制度
目前全国共有食品生产企业44．8万家，其中规模以上企业26万家，食品市场占有率72％；规模以下、10人以上企业6．9万家，食品市场占有率18．7％；10人以下企业35．3万家，食品市场占有率9．3％.食品生产经营事关公众的身体健康和生命安全，所以国家对食品生产经营实行许可制度.从事食品生产、食品流通、餐饮服务，应当依法取得食品生产许可、食品流通许可、餐饮服务许可.其中，从事食品生产活动的，应当到所在地的县级质量监督部门申请食品生产许可；从事食品流通活动的，应当到所在地的县级工商行政管理部门申请食品流通许可；从事餐饮服务活动的，应当到所在地的县级食品药品监督管理部门申请餐饮服务许可；经许可的食品生产经营者应当向工商行政管理部门办理登记，取得营业执照.这里应当指出三点：
一是取得食品生产许可的食品生产者在其生产场所销售其生产的食品，不需要取得食品流通的许可；取得餐饮服务许可的餐饮服务提供者在其餐饮服务场所出售其制作加工的食品，不需要取得食品生产和流通的许可；农民个人销售其自产的食用农产品，不需要取得食品流通的许可.
二是在食品生产经营活动中实施多年的食品卫生许可，在食品安全法施行后，分别被食品生产许可、食品流通许可、餐饮服务许可所取代，今后卫生行政部门也不再颁发食品卫生许可.所以，拟从事食品生产经营活动的单位或者个人不需要再到卫生部门办理食品卫生许可.
三是食品生产经营者在食品安全法施行前已经取得食品卫生许可证、食品生产许可证等相应许可证的，该许可证在有效期内继续有效.许可证过了有效期后，食品生产经营者应当按照食品安全法的规定，到有关的监管部门办理新的许可证.
二、索票索证制度
实行索票索证制度，是为了建立食品安全责任的追溯制度，通过食品、食品原料、食品相关产品的进出货记录，可以追查相关责任人，确保食品安全的全链条监管.食品安全法规定的索票索证制度包括四个方面的内容：
（一）食品原料、食品添加剂、食品相关产品进货查验记录制度食品生产者采购食品原料、食品添加剂、食品相关产品，应当查验供货者的许可证和产品合格证明文件；不得采购或者使用不符合食品安全标准的食品原料、食品添加剂、食品相关产品.食品生产企业应当建立食品原料、食品添加剂、食品相关产品进货查验记录制度，如实记录食品原料、食品添加剂、食品相关产品的名称、规格、数量、供货者名称及联系方式、进货日期等内容.食品原料、食品添加剂、食品相关产品查验记录不得伪造，保存期限不得少于二年.
（二）食品出厂检验记录制度
食品生产企业应当建立食品出厂检验记录制度，查验出厂食品的检验合格证和安全状况，并如实记录食品的名称、规格、数量、生产日期、生产批号、检验合格证号、购货者名称及联系方式、销售日期等内容.食品出厂检验记录不得伪造，保存期限不得少于二年.
（三）食品进货查验记录制度
食品经营者采购食品，应当查验供货者的许可证和食品合格的证明文件.食品经营企业应当建立食品进货查验记录制度，如实记录食品的名称、规格、数量、生产日期、生产批号、保质期、供货者名称及联系方式、进货日期等内容.食品进货查验记录不得伪造，保存期限不得少于二年.
（四）食品进口和销售记录制度
进口商应当建立食品进口和销售记录制度，如实记录食品的名称、规格、数量、生产日期、生产或者进口批号、保质期、出口商名称及联系方式、购货者名称及其联系方式、交货日期等内容.食品进口和销售记录不得伪造，保存期限不得少于二年.
三、不安全食品召回制度
食品召回，是指食品的生产者在得知其生产的食品可能危害消费者健康安全时，依法向政府部门报告，及时通知消费者，并从市场和消费者手中收回不安全食品的补救措施.食品召回有三方面的意义：一是，防患于未然，充分保护消费者的健康安全；二是，体现食品生产企业作为保证食品安全的第一责任人的责任，加强了企业的责任感，鼓励企业诚信自律；三是，政府对食品安全的监管由被动变为主动，有利于提高监管效能.目前，对不安全食品实行召回制度，已经成了国际上的通行做法.食品安全法借鉴了国际通行的做法，明确规定了不安全食品召回制度，包括企业主动召回和政府责令召回，具体是：
（一）企业主动召回
企业主动召回是指食品生产者发现其生产的食品不符合食品安全标准，应当立即停止生产，召回已经上市销售的食品，通知相关生产经营者和消费者，并记录召回和通知情况.食品生产者应当对召回的食品采取补救、销毁、无害化处理等措施，并将食品召回和处理情况向县级以上质量监督部门报告.
（二）政府责令召回
食品生产者未依照食品安全法规定召回不符合食品安全标准的食品的，县级以上质量监督部门可以责令其召回.关于是否要规定政府的责令召回，在立法的过程中也有过争议.有的意见提出，召回应仅限于企业的自律行为，在企业不主动召回的情况下，政府可以对其进行处罚，但不宜责令其进行召回.对此意见，立法机关经过认真研究，考虑到召回制度虽然主要是企业的一种自律行为，但食品安全事关人民群众的身体健康和生命安全，政府部门应当在一定情况下，责令企业召回不安全食品，以保证广大消费者的健康和合法权益不受侵害.同时，从国际上的相关经验看，政府在一定情况下是可以责令企业召回不安全食品的.在较早建立食品召回制度的美国，其召回制度分为三种类型：一是，主动召回，即食品生产企业自愿发起的食品召回；二是，要求召回，即监管部门直接要求对生产不安全食品负有主要责任的企业实施召回并且承担主要责任；三是，指令召回，指婴儿配方食品以及在州际间销售的各种牛奶如果出现不安全因素，食品药品监管局发布强制性命令要求实施的召回.由此可见，规定监管部门在企业不主动履行召回义务的情况下，责令企业召回不安全食品是国际上通行的做法，对于保障食品安全是十分必要的.因此，食品安全法最终规定了政府部门对不安全食品的责令召回制度.
四、不安全食品的停止经营制度
食品召回制度仅适用于食品生产企业，对食品经营企业来说，其负有对不安全食品停止经营的责任.食品经营者发现其经营的食品不符合食品安全标准的，应当立即停止经营，通知相关生产经营者和消费者，并记录停止经营和通知情况.食品经营者未依照上述规定停止经营不符合食品安全标准的食品的，县级以上工商行政、食品药品监督管理部门可以责令其停止经营.
五、从业人员健康管理制度
食品安全法规定，食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度.患有痢疾、伤寒、病毒性肝炎等消化道传染病的人员，以及患有活动性肺结核、化脓性或者渗出性皮肤病等有碍食品安全的疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作.食品生产经营人员每年应当进行健康检查，取得健康证明后方可参加工作.食品生产经营者安排患有上述疾病的人员从事接触直接人口食品的工作的，应当依法承担相应的法律责任.从业人员健康管理制度是我国已经实施多年的一项食品卫生制度，现行的食品卫生法对此已经作出了规定.此次，食品安全法又延续规定了这一制度，体现了食品安全法与食品卫生法的有效衔接.
六、企业食品安全管理制度
食品安全法规定，食品生产经营者应当建立健全本单位的食品安全管理制度，加强对职工食品安全知识的培训，配备专职或者兼职食品安全管理人员，做好对所生产经营食品的检验工作，依法从事食品生产经营活动.食品生产经营企业是保证食品安全的第一责任人，有责任建立好本企业的安全管理制度，从员工培训、配备专门管理人员、加强检验工作等方面，做好本企业的食品安全工作，树立诚实守信的意识和正确的生产经营理念，建立起保障食品安全的长效机制.
七、按照食品安全标准进行生产经营
食品安全法明确规定，食品生产经营者应当依照法律、法规和食品安全标准从事生产经营活动.食品安全标准无疑是企业组织生产的重要依据，企业应当依据食品安全国家标准或者地方标准进行生产经营.如果企业生产的食品没有食品安全国家标准或者地方标准的，应当制定企业标准，作为组织生产的依据，在企业内部适用.企业标准应当报省级卫生行政部门备案.已有食品安全国家标准或者地方标准的，国家鼓励企业为提高自己产品的质量和市场竞争力，而制定严于食品安全国家标准或者地方标准的企业标准，在企业内部适用.这里应当指出两点：一是企业标准只能在本企业内部使用，不能适用于其他的企业和生产者；二是企业的标准也是强制执行的标准，企业按所制定的企业标准组织生产，并对所生产的食品进行检验，合格后方可出厂或者销售；执法部门也是按着企业标准对该企业进行监督、抽查；消费者也可以对企业生产的食品是否符合企业所制定的标准进行监督、维权.
八、积极建立良好生产规范，并实施危害分析与关键控制点体系，不断提高食品安全管理水平
良好生产规范（GMP），是指为保证食品安全、质量而制定的贯穿于食品生产全过程的一系列措施、方法和技术要求.危害分析与关键控制点体系（HACCP），是指通过系统性地确定具体危害及其关键控制措施，以保证食品安全的体系，包括对食品的不同生产、流通和餐饮服务环节进行危害分析，确定关键控制点，制定控制措施和程序.该体系适用于食品生产、流通、餐饮服务中的食品安全、质量控制.
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