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第一代腺病毒载体通常通过缺失E1或E3基因来实现，这类载体在未经纯化时可能会引发较强的炎症反应和免疫反应，但一旦经过纯化，其安全性得到显著提高，体内表达周期可以持续4周左右。
第二代腺病毒载体则通过删除E2A或E4基因来构建，这类载体产生的免疫反应较为温和，同时在载体容量和安全性方面有所改进，但病毒包装的难度以及病毒滴度下降明显，导致其在实际应用中的局限性较大。
第三代腺病毒载体更为先进，通常完全或大部分删除腺病毒基因，仅保留ITR和包装信号序列，最大可插入35kb的基因片段。第三代载体能够显著减少病毒蛋白表达引起的细胞免疫反应，引入核基质附着区基因有助于外源基因保持长期表达，同时增加了载体的稳定性。不过，这一系统需要一个腺病毒突变体作为辅助病毒。
一般将E1或E3基因缺失的腺病毒载体称为第一代腺病毒载体。这类载体能够引发机体产生较强的炎症反应和免疫反应，但表达外源基因的时间较短。
第二代腺病毒载体则通过缺失E2A或E4基因来实现。相较于第一代，第二代载体产生的免疫反应较弱，其在载体容量和安全性方面亦有所改进。
第三代腺病毒载体则进一步优化，通过缺失全部或大部分腺病毒基因（包括无病毒载体和微型腺病毒载体）来保留关键序列，如ITR和包装信号序列。这种载体的最大基因插入量可达35kb，病毒蛋白引起的细胞免疫反应减少，外源基因在载体中的稳定性得到提升。同时，引入核基质附着区基因可促进外源基因的长期表达。
值得注意的是，第三代腺病毒载体系统需要依赖一个腺病毒突变体作为辅助病毒。这一系统的应用为基因治疗和疫苗开发提供了更高效、更安全的载体选择。
腺病毒是一种大分子(36kb)双链无包膜DNA病毒。它通过受体介导的内吞作用进入细胞内，然后腺病毒基因组转移至细胞核内，保持在染色体外，不整合进入宿主细胞基因组中。
AAV，即腺相关病毒，属于微小病毒科的依赖病毒属，是一种单链DNA病毒。其基因组构造独特，正负链各占一半，大小约为4.7千碱基对。这种病毒的结构为正二十面体，直径在20-26纳米之间，具有耐热和耐有机溶剂的特性。AAV拥有多种血清型，变异种类超过100种。
在辅助病毒如腺病毒、疱疹病毒和牛痘病毒等的存在下，AAV能进行复制，产生新的病毒颗粒。然而，在没有这些辅助病毒的情况下，AAV通常会选择整合其基因组到人类19号染色体的特定位置，进入一种潜在状态，直到辅助病毒激活其转录。尽管如此，研究显示AAV主要以非整合形式存在，整合率极低，大约只有2%以下。
正是由于AAV的位点特异性整合能力，以及其自然缺陷和较低的免疫原性，使得它成为基因治疗的理想载体。通过重组AAV（rAAV）技术，这些病毒载体能够在体内外进行高效转导，包括细胞培养和多种组织，如肺、脑、肌肉、视网膜、中枢神经系统和肝脏等，展现出广泛的应用潜力。
腺相关病毒Adeno-associatedvirus(AAV)是一个常见的人细小病毒，自然缺陷、无包被和无致病原性。AAV复制周期由两个明显的阶段构成：潜伏期和增殖期。
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